Arbejdsplan
Projektstyring (Jan Secher)
Formål: At sikre en præcis og tæt styring af projektet.
Efter at Poul Hyttel blev pensioneret i juni 2021, har Jan Secher fungeret som projektleder. Betina W. Jensen er projektadministrator og -manager. En veldefineret styregruppe er nedsat for at sikre en effektiv forvaltning, og der er etableret en samarbejdsaftale mellem projektets partnere og bidragydere.
EliteOva er struktureret i 5 arbejdspakker (WP) med tilhørende personale og finansiering.
Formål: At øge hvor ”klart” samfundet er til denne teknologi ved at studere de vigtigste interessenter og forbrugere og oprette en webportal. Nøgleinteressenternes synspunkter langs værdikæden af dyreavl og produktion undersøges sammen med tilbøjeligheden til at bruge de nye teknologier (interessenter), acceptere slutproduktet (forbrugerne) og godtage begge dele (begge grupper). Derudover vil der blive oprettet platforme til at udbrede projektets resultater (herunder en webportal, formidling til interessenter og artikler rettet mod en bredere offentlighed).
WP2.1: Historiske data om kalve som følge af in vitro-produktion (IVP) af embryoner
Formål: At bruge Masterrinds eksisterende data for at kontrollere den optimale funktionalitet i IVP-procedurerne i EliteOva.
SME-partner Masterrind har gennem de seneste år produceret et stort antal kalve af IVP ved hjælp af medieserien fra EliteOva-partner ETB samt andre medier. Data om kalve- og kalvesundhed indsamles, analyseres og implementeres for at kunne optimere af IVP-procedurerne.
WP2.2: In vitro-produktion (IVP) af embryoner (Emma Lorenzen, Jan Secher)
Formål: At producere embryoner til WP2.3 og WP4 og samle biopsier af passende kvalitet til WP3.
Ultralyd-styret OPU (Ovum Pick Up, dvs. opsamling af æg) udføres, og oocytter modnes, befrugtes med kønssorteret sæd og dyrkes indtil blastocyststadiet, hvor biopsier tages til brug i WP3 og de cryo-konserverede embryoner (dvs. en proces, hvor det tidligere foster nedfryses). Standardoperationsprocedurer (SOP'er) defineres til disse trin og til hentning af biopsier, kryokonservering og kølig opbevaring af embryoner. Genomiske karakteristiske forældre bruges.
WP2.3: Overførsel af embryoner og graviditeter (Søren E Madsen)
Formål: At producere kalve med embryoner fra WP2.2 og samle materiale til WP4 og WP5.
Embryoer overføres til modtagere, og graviditeterne (>100) overvåges ved palpation /ultralydscanning. Potentielt unormale graviditeter vil blive afsluttet, og fostre og placenta herfra undersøges i detaljer. I alt 10 IVP og 10 kontrolkalve (fra overførsel af in vivo-afledte embryoner) slås ihjel (euthaniseres) og obduceres (WP5). Prøver opsamles fra lever og hjerne til WP4 og WP5.
Formål: At bruge biopsier fra WP2.2 til genomisk udvælgelse og identificere SNP'er relateret til tyres IVP-præstationer. [SNP er såkaldt enkeltnukleotidpolymorfi, dvs. et specifikt sted i genomet, der indeholder en variation i arvematerialet DNA, opbygget af en af de fire baser (A, T, C og G)].
IVP-embryonernes genotype bestemmes ud fra deres biopsier ved hjælp af et Illumina BeadChip. De tidligere fostres forventede genetiske værdi (den såkaldt Nordiske Samlede Værdi, NSM) baseres på besætningssdata. I løbet af projektet implementeres SNP-oplysninger om nye egenskaber såsom metanudledning og fodereffektivitet, og SNP'er relateret til tyrefunktionen ved IVP identificeres.
Formål: At kontrollere normaliteten af genekspression og epigenom i IVP-embryoner og kalve fra WP2.2 og WP2.3 [Epigenetik omhandler forandringer uden for selve DNA-sekvensen].
RNA ekstraheres fra IVP og kontrolembryoner og -kalve. Genekspressionsdata fra embryoner og kalve analyseres ved hjælp af embryoGENE bovine platformen. For at studere den underliggende fosterprogrammering undersøges epigenetiske modifikationer. DNA-methylering analyseres ved anvendelse af EmbryoGENE bovine epigenomiske platform og histone modifikationer [Histoner er kromosomproteiner, som danner spoler, DNA folder sig omkring] ved chromatisk immunpræcipitation (ChIP) på IVP og kontrolembryoner og kalve i tæt samarbejde med Université Laval, Canada og Melior, USA. Systemets biologiske analyser sigter mod at identificere nøglegennetværk og differentielt regulerede veje som følge af IVP.
Formål: At sikre sundheden og normaliteten af graviditeter og kalve. Afkommene undersøges nøje for at udelukke eventuelle negative virkninger af IVP-proceduren for udvikling og sundhed. Det omfatter laboratorieundersøgelse af fostermembraner, aflivede fostre, dødfødte kalve og alle andre afkom, der dør under undersøgelsen, samt detaljeret undersøgelse af 20 kalve fra WP5. Sundhed og udvikling af levedygtigt afkom følges nøje ved at registrere levedygtighed og blodbiokemiske profiler i en alder af 0, 7 og 30 dage efter kælvning.